Я сталкивался! Гдето в теме Вопросы начинающих 2011 было обсужение этого. Результат - нет решения! Пользуюсь Assembly Outputs.
А каких данных нехватает?

Кодированного названия эл-та, понятного установщику (в нашем случае TWS). Пытался поискать .ini файл (или другой конфигурационный или шаблон) на основании которого генерится PnP из меню Assembly Outputs, но тоже ничего не вышло. Единственное решение, которое приходит в голову - создавать PnP для отдельных плат, а затем собирать в кучу, с пересчетом координат (в Excel), зная расстояние между базовыми точками отдельных плат. Как то так. Но это кусок дурной работы.

Как вариант можно делать панель не через Place->Embedded... а просто через Копи-Паст. А потом генерить P&P файл. Через одно место но по-моему проще чем ваш вариант.

Да точно надо будет попробовать сделать.

Сейчас тоже столкнулся с проблемой отделения SMD компонентов для установки автоматом от TH для ручного монтажа. Представитель поставщика автоматов мне толком не ответил, сказав, что PCAD есть атрибут "place position", который заполняли только для нужных компонентов, и остальные в выходной файл не включались.

Правильно ли я понимаю, что из меню Assembly Outputs эта проблема не решается (нет секретных атрибутов), а через BOM ее можно решить, заведя для каждого компонента некий дополнительный параметр (типа Place - yes|no) и отфильтровав по этому параметру? Может, уже есть устоявшаяся форма такого параметра?

Да, лучше всего так!
Добавляете пользовательский атрибут, и по нему сортируете элементы поверхностного и выводного монтажа!
Каких-то особых фич и системных атрибутов для этого нет!