Потому что при вставке дополнителных команд смещаются адреса переходов и если эти переходы осуществлялись через таблицы то их значения в данных компилятор не изменит, и переходы будут исполнятся некорректно. Таких таблиц в программе может быть много. Через них часто выполняют оператор CASE.

Можно Вас попросить маленький пример на ассемблере как осуществляется переход через таблицу. Что-то мутен для меня этот вопрос...

Все это общие принципы прграмм на ассемлере
Например так
MOV TABL,R11
ADD KOMANDA,R11
MOV @R11,R12
PUSH R12
RET

Не работал с MSP430
Не знаю есть ли там команды типа MOV @METKA ,PC или MOV Rxx,PC можно через них.
Можно в озу по адресу PEREXOD cформировать команду JMP VECTOR а в основной программе выполнить JMP PEREXOD
Все дело вкуса програмиста и возможности системы команд процессора.

P.S. У MSP430 Эти возможности реализованы через
MOV dst, PC
Посмотрите страницы 60-62 Руроводства на русском из поста 10

Подумал тут вот над чем. В моей прошивке есть места, в которых, как я подозреваю, нет кода и данных (там забито FF). Что если написать свою процедуру обработки, перевести ее в байты и эти байты занести в то место, где нет кода. Затем адрес вектора прерывания изменить на начало моей самописной процедуры. В конце своей процедуры предусмотреть переход на истинный обработчик прерывания.
Ведь в этом случае при возникновении прерывания сначала выполнится моя процедура, а затем стандартная. И никакого смещения адресов.
Есть в моих рассуждениях ошибки?

В прерывании будет всего навсего приём одного байта.
Вам нужно в программе найти дешифратор команд. Там дожна быть ветка "комады нет" или "код команды некоректен". Переаресовать эту ветку на свою вставку.
Кроме того просмотреть начало программы на предмет проверки контрольной суммы.
при наличии оного принять меры чтобы программа не вылетала.

Давайте по порядку. Просто я не знаю некоторых моментов. Скажите, когда я в прибор отправляю команду, состоящую из 20 байт, то прерывание вызывается 20 раз? На каждый байт?
Если это так, то я уже разработал алгоритм своей процедуры...
Про контрольную сумму. Ее проверка существует. При неправильной контрольной сумме прибор на экран выводит номер ошибки на экран, но продолжает функционировать. Как можно найти то место, где программа считает контрольную сумму?

По порядку.
1 Да прерывание сработает 20 раз. по прерыванию байты обычно складываются в некий буфер. Основная прграмма анализирует этот буфер и обнаружив признак конца командного пакета (это может быть число символов или код Enter 0DH) приступает к разборке этого пакета. Ищите куда складываются принятые байты и что с ними происходит.
2. Начните анализировать программу с начала как правило процедура проверки контрольной суммы в пакете инициализации. Другой подход найдите место в программе выводящее сообщение об ошибке и пляшите от него.

Но работы очень много. Помню лет 10 назад в программе на MCS51 нужно было одну задержку увеличить в 4 раза. На ковыряние кода ушло больше месяца.
Не зря говорят что часто написать свою программу быстрее чем переделать чужую.

Вот у меня микроконтроллер MSP430F149. В нем реализовано 2 USART-а. Как определить какой из них используется для "общения" с внешним миром? Ведь USART может еще использоваться для "общения" с микросхемами памяти. Чтобы это определить, как я понимаю, нужна принципиальная схема устройства, да?

Отсутствие схемы существенно затрудняет понимание работы программы.
Что то я не знаю микросхем памяти с интерфейсом USART. Как правило I2C или SPI, или же паралельный интерфейс.

1-wire можно с уарта опрашивать. С небольшими внешними навесками.
Двухногие далласы DS243x и им подобные

В книге Семейство микроконтроллеров MSP430x1xx описано несколько режимов периферийного интерфейса USART: режим UART, режим SPI, режим I2C. И не нужны микросхемы памяти с интерфейсом USART.

Исходя из этого как можно определить какой из USART (первый или второй) работает на прием и передачу данных во внешний мир?

В каких режимах работают порты можно узнать из блока инициализации в программе. Стартуете программу в отладчике по шагам и разбираете начиная со старта. Обычно инициализация портов проходит в первых двух сотнях команд (в порядке исполнения а не листинга), кстати там же проводится подсчет контрольных сумм.
Но отсутствие схемы существенно затрудняет понимание логики программы.

Подскажите отладчик в котором можно "стартануть"...

Я с MPS430 не работал. Но приципы работы с любым семейством одинаковы. Могу порекомендовать для начала
"IAR Embedded Workbench for MSP430 v.5.10.1 Full" http://rutracker.org/forum/viewtopic.php?t=2975395.
Можно попытатся в Proteus. Поройтесь в закромах.
Если уж решили с семейством работать обзаводитесь инструментарием и литературой. С наскоку задачу не решишь.

Спасибо за ссылку, однако стартануть не удалось. Хотя, наивно было полагать, что стартанет сразу
Я слил прошивку, дизассемблировал ее с помощью IDA и сохранил в файле. Затем в IAR создал новый проект, открыл в этом проекте свой файл и, ничего не меняя, попытался скомпилировать. "Всего" компилятор обнаружил около 32000 ошибок Все не проверял, но всегда ошибка на строках вида:


Тип ошибки: Bad instruction. Я понимаю, что это не инструкции. Это просто переменные. Но как это объяснить IAR-у? А может можно в IDA сделать так, чтобы он делал файл ASM понятный для IAR?