Кто-нибудь, объясните мне, почему кого-то может заинтересовать MC9S12NE64, если давно существует семейство MCF5223x, которое превосходит MC9S12NE64 по всем параметрам и имеет более низкую цену?

Все просто, наделали кучу плат под этот контроллер несколько лет назад, потом забросили это дело,
теперь меня подрядили программировать его чтоб платы не пропали.

Что есть такой ColdFire с PHY сам знаю.

Вы лучше подскажите в каком направлении рыть. До этого с сетью вообще дела не имел.
Но мне думается что раз это все уже в нем реализовано, то остается токо данные в буфер подсовывать для передачи.

1) стандарты по протоколам
2) сетевой анализатор
3) рабочее железо

далее дело техники.
разобраться с установками на сетевуху разрешения бродкаст пакетов и явно адресованных.
написать лёгкие протоколы, которые реализуются с небольшими затратами.
ARP, IP(сборка, если требуется), ICMP(пинги), UDP
далее сложнее
TCP/IP, можно DHCP