Непонятно... У меня даже если в СМ остается один тип переходного все работает:
Может действительно в версии дело? И в хотфиксе тоже - для 16.3 актуальный хотфикс s053, а не s030...
По поводу такого мульти-дрилл ВИА проблем и раньше не было - у него площадка определена на всех слоях меди, а отступ медь-медь и раньше правильно работал, в отличие от медь-дрилл. У Вас же не было площадки внутри в том проекте, только отверстия. А в моем случае есть.
Хотя, надо признать, это единственный случай, когда у нас используется мульти-дрилл, и то, не для себя делал, а потому что остальные любят такое ВИА

Сам практически никогда не использую. Кстати в компонентах никаких мультидриллов нет, там отказались. ВИА в термал-пады ставятся по месту непосредственно на плате.