Как подсказывает практика, лучше использовать единицы измерения Dxp Default (1 dxp def = 10 mil)
В этом случае соединение будет всегда, т.к. альтиум все рисует и хранит в дюймах. мм отображаются только на экране, все операции и расчеты происходят в дюймах
Это можно проверить, если сохранить документ в ASCII и открыть в блокноте и почитать.

сетка 10 (2.54 мм) самая оптимальная

Я это не знал в свое время и начинал рисовать в мм. Так и продолжаю, но при этом необходимо знать, где возникнет проблема.
Поэтому использую сетку 5мм и Electrical Grid 5 мм. Все пины строго в шаге 5 мм. Только в таком случае можно избежать разрывов.
За разрывами следим по появляющимся красным крестикам во время рисования.
Проверка потом возможна только по Net with Only One Pin но таким образом мы сможем проверить только цепи, имеющие 2 соединения.
Если цепь большая, например GND, такая проверка не поможет.
И еще : между соединяемыми выводами обязательно должен быть проводничок, если пин на пин ставить (например Port GND прямо на вывод компонента), может возникнуть разрыв.
В дюймах разрыва не будет, можно ставить пин на пин без проводничка.

А библиотеки все свои. Это стандарт для всего. не только альтиума.

Не в Бровь а в глаз.
Вот она истина. Хотите проблем-- рисуйте в миллиметрах. Хотите еще больших проблем-- побольше кирилицу используйте.
В общем золотая истина. Работает следует в тех единицах, в которых пакет начинал работать.

2peshkoff спасибо за дельные советы, теперь думаю что делать с базой, у меня сейчас в микросхемах между ножками на символах 3мм, так удобно начальнику (размер схемы и небольшие компоненты) получается нужно все переделать или как? Или просто поставить милы как дефолт для соединения, потом нажать ctrl+shift+d и править все соединения которые уедут или даже перерисовывать?
1) Есть ли какие то стандарты для символьной графики (размер ножек, расстояние между пинами)? если уж переделывать библиотеку то 1 раз
2)Так же интересуют способы хранения файлов, дело в том, что библиотеки (где хранятся символы) у меня постоянно изменяются и я так понимаю,что проще их хранить в обычном виде (некомпилированном в проект и не установленном в альтиум) или я не прав?


3)Далее насчет pcb футпринтов, я строил их через jump location нужно ли мне беспокоиться за их размеры или сетка которая там используется только для рисования не по координатам?
Например дип корпус, нулевая ножка имеет координаты 0:0, а первая 0:-2.54мм по идее все правильно, но всетаки?

4)Еще хотел бы узнать как в альтиуме делаются кружки на символах, например в схеме выключателя. Это только Dot, который можно отдельно нарисовать?

1. Есть . Смотрите группу ГОСТ 2.7xx. Есть где то у меня и буржуский аналог от IEEE. Полное соответствие ГОСТ рекомендую врагам. А если дельный совет -- идите на Vault И БЕРИТЕ ПРИМЕР ООТУДА
2. Это у каждого свое. но рекомендую тот же принцип Vault
3 Для Footprint-- рисуйте указываете координаты как рекомендует PDF затем IPC
4 Есть 33 способа начиная от вида PIN и кончаю любой графикой, доже просто рисунком

Схему можно вписать в какую-то условную сетку. А всё рисование PCB определяется не столько желанием вписаться в сетку, а различными техническими требованиями. Так посадочное место DIP-корпуса исторически было сделано в дюймовой сетке, поэтому рисовать его нужно тоже в дюймовой сетке. Новые посадочные места обычно выполняются уже в миллиметровой сетке.

PS: Как уже написал Владимир: лучше всего рисуйте по PDF, хотя отступления для удобства монтажа допустимы.

Можно использовать свойства линии -> Start/End Line Shape, но выбор фигур небольшой. Либо нарисовать самостоятельно - как проще.
Если рядом с пином - можно использовать в свойствах пина -> Symbol -> Outside Edge -> Dot

К сожалению начальство не приняло значки типа дот и входные стрелочки, пришлось делать вручную, возможно я использую слишком маленький шаг и их просто плохо видно.

На PCB я рисовал отверстия под ноги дип корпуса (к примеру) через визард, а иногда просто по координатам делаю, с учетом того, что между ног 2.54мм.

Насчет символьной графики склоняюсь к тому, чтобы сделать все по госту, поскольку база растет, и когда я поменяю работу на более оплачиваемую года через 4, не хочу столкнуться с тем, чтобы все переделывать под высокие требования.

Не получится. Ни один пакет проектирования печатных плат не поддерживает всех требований ( а еще хуже толкований) ГОСТ
Все равно придете к варианту делать МАКСИМАЛЬНО близко к требованиям ГОСТ, но не в ущерб правилам проектирования и возможностей самого пакета

А какой шаг между выводами разъемов, микросхем и прочего посоветуете? Чтобы и ГОСТу соответствовало, и удобно было в Альтиуме.

Где? Для схемы, для посадочного?.
И если ГОСТ-- то там понятие "разъем" это вроде только контакт соединителя. А то, что вы написали "разъем" это на самом деле соединитель.
Так уж если по ГОСТ- обкладывайтесь Гостами и читайте и изучайте. И сходите на курсы. Потом следует пройти нормоконтролера, и желательно не одного, и желательно из военпредов.
Желание работать у Вас пропадет

В схеме нужно применить два флая на 9V, высоковольтные входы которых соединены параллельно, а выходы - последовательно, что формирует источник 18V. Так как флаи абсолютно идентичны, хочется использовать возможность мультиканального дизайна. Но случай какой-то нетипичный или руки кривые, построить символ затруднительно. Подскажите, как правильно сделать именно через мультиканальные возможности?

Так там через шины как то делается. Тут вроде разжовано

Подскажите плиз
Как подсветить неразведённые связи после ручной (интерактивной разводки )
а то считаю что плата разведена полностью - и вдруг случайно натыкаюсь на неразведённую связь (прячутся блин среди множества элементов и разведённых дорожек)

В любом случае, после разводки надо выполнять DRC - Design Rule Check
Это позволит, в том числе, обнаружить неразведенные цепи.

может не то что делаю ...
специально убрал дорожку , осталась только связь
запустил проверку DRC
а пункт "Un-Routed Net Constraint ( (All) )" даёт =0
не видит ....
или я не то смотрю ?

Ктото писал что такое бывает (у меня такого не было!). Помогало через панель PCB просматривать неты... Сортировать их по Un-Routed...