Kokos, какое время симуляции, не слишком ли мало?
Лично мне как-то удобнее время симуляции задавать в самом тестбенче, конструкцией initial #(stoptime) $stop
В примере
http://www.altera.com/support/examples/mod...simulation.html генерация начинается с 200ns.
Можно глянуть исходники, чтобы понять, как оно примерно написано и чего оно хочет.
К примеру c:\Altera\91sp2\modelsim_ase\altera\verilog\src\stratix_atoms.v :
Module Name : stratix_pll
Description : Timing simulation model for the Stratix StratixGX PLL.
In the functional mode, it is also the model for the altpll megafunction.