я говорил про фазу, понятно что частоты будут одинаковые.

Они естественно не узнают им и не надо этого знать. Необходимо чтобы эти платы по входной команде смогли забрать данные со своих датчиков в одно и тоже время. Если частоты, на которых будут работать эти платы, будут одинаковыми но сдвинутыми по фазе то соответственно данные с датчиков они соберут в разные моменты времени.... Необходимо синхронизировать их.



не очень понятно как мастер пингует и вычисляет задержки? Какие задержки? как с помощью полученной информации slave подстраивает свою частоту.

Решение может сильно отличаться от допустимой величины отклонения шкалы времени.
Есть стандарт PXI для модульных измерительных систем http://www.pxisa.org/Specifications/Default.aspx
Там как-раз описывают способы синхронизации и требования к синхросигналам.

В Вашем случая это скорее всего не применимо, но используется много где. Есть две частоты - низкая и высокая, на низкой идет вся обработка, мастер имеет с остальными две связи - на прием и передачу (разведены по плате они должны одинаково). Высокая частота синхронна (пусть и с разными фазами) и изначально в каждой ПЛИС генерится низкая посредством счетчиков. Ну а дальше все просто - мастер посылает в ведомый импуль, который совпадает с фронтом его низкой частоты и получает в ответ его же. Вычисляется разница и делится пополам, следующий импульс в ведомый (он же служит сбросом для счетчика) запускает заново счетчик низкой частоты на ведомом. В итоге к примеру - мастер послал импульс (фронт низкой частоты, формируется на высокой) и получил ответ через 4 такта (высокой), т.к. пути одинаковые, то получается что задержка составляет в одну сторону 2 такта (высокой) и сброс счетчика ведомого должен формироваться на 2 такта раньше. Таким образом получается синхронность низкой частоты с точностью до одного такта высокой.
ЗЫ// извиняюсь за мой русский язык, если идея не понятна попробую описать подробней.
to Lmx2315 просто в моем понимании термин "разбежались" означает то, что одна частота больше другой на дельту, т.е. как будто есть два одинаковых генератора частоты на разных плисинах с равными характеристиками, но фактичкески они не одинаковы.

Все достаточно понятно описано. Так, ради интереса, какова высокая и низкая частота в вашем проекте, если не секрет?

Высокая 100МГц, низкая 10МГц, но естественно, что высокая ограничена только возможностями ПЛИС, а низкая "точностью" синхронизкации в 1 такт высокой.

Чтобы получить только один возможный вариант работы PLL, нужно чтобы коэффициент деления в PLL был равен 1. Значит входная частота должна быть где то 5...10 МГц, конкретно запускайте мастер в Квартусе и смотрите при каких входных частотах коэффициент деления в PLL равен 1.
В противном случае, PLL должна сама делить. Например, из 80 МГц получать 10 МГц. Счётчик делитель на 8. И выход этого счётчика может переключаться по этому импульсу 80 МГц, по следующему и т.д., всего 8 вариантов.