Вам наверное нужно что-то типа такого:
http://www.pericom.com/products/signal-swi...art=PI2PCIE2212

Это для сигналов RX/- и TX+/-

Для Refclk нужен будет разветвитель типа такого:
http://www.idt.com/document/dst/9db102-datasheet

Остальные сигналы можно параллелить

У NXP есть CBTL02042BBQ и CBTL02042ABQ. Управляются 0 или 1, переключая сигналы с порта A на B или C.

У FCI есть PCIe разъёмы торцевые (10025026).
У Erni есть угловые разъёмы с высотой от платы до 16 мм
Если ваши платы не будут цепляться друг за друга на расстоянии 16 мм и не критично если они вдруг окажутся на немного разной высоте, то вам может подойти этот вариант.

Если еще завести выключатель питания на не использующуюся плату, то вообще шикардос получится.
Самому приходилось делать не оптовые платы для отладки, экспериментов или ремонта. Обычно время затраченное на ее изготовление окупается удобством работы.
И оплачивается работодателем.

Мне кажется использовать сигнал Present кошернее