Есть плата, уже готовая, уже работающая, при работе, подключаю квартус через джитаг, автоопределяю ее, заливаю тестовый проект, и... После секунды она уже со своей родной прошивкой.

Убеждаться что плис действительно прошивается пробовал так:
Завел в проекте на некоторые пины ноль, на некоторые единицу, и включил мультиметр на один контакт, на которых должен быть ноль или единица при стандартной прошивки. На секунду значение менялось на заданное в моем проекте.

Собственно вопрос, что надо чтобы определить что не так?
нСтатус и конфиг_дан подцепил через резисторы 10кОм на 3.3. Точнее нСтатус и так в схеме подключен на 3.3 через 10кОм. Вроде всё как по документации.

плис циклон 3