Есть плата, уже готовая, уже работающая, при работе, подключаю квартус через джитаг, автоопределяю ее, заливаю тестовый проект, и... После секунды она уже со своей родной прошивкой.

Убеждаться что плис действительно прошивается пробовал так:
Завел в проекте на некоторые пины ноль, на некоторые единицу, и включил мультиметр на один контакт, на которых должен быть ноль или единица при стандартной прошивки. На секунду значение менялось на заданное в моем проекте.

Собственно вопрос, что надо чтобы определить что не так?
нСтатус и конфиг_дан подцепил через резисторы 10кОм на 3.3. Точнее нСтатус и так в схеме подключен на 3.3 через 10кОм. Вроде всё как по документации.

плис циклон 3

Проверьте состояние галки "Halt configuration controller" в настройках квартусовского программера.

Да, и с галкой делал и без.

Тогда проверяйте, что у Вас творится на nCONFIG.
Еще такой вопрос - на Вашей плате ПЛИСка сама не может nCONFIG передергивать? Если может, то установите режим неиспользуемых выводов "As input tri-stated with weak pull-up".

Может, кстати, и по просадке питания перегрузиться.

nConfig подключен к плис, выходы как три стайт пул ап... Один фиг перезагружает прошивку из флеша после прошивки через джитаг... А если нКонфиг подключить к земле?

Протыкал схему, нКонфиг подключен через 10КОм резистор на 3.3, и через 280 ом и светодиод к TRGT(VCC).

Как все запущено...
Вы хотя бы описание процесса конфигурирования Cyclone III почитайте!
http://www.altera.com/literature/hb/cyc3/cyc3_ciii51016.pdf

Почему запущено, читал, там написано что при переходе из 0 в 1 по нконфиг происходит конфигурирование плис в соответсвии с контактами мсел. Че не так? Вот я думаю, если нконфиг посаженый на вцц через 10КОм посадить напрямую на землю останется ли он в нуле? Хотя там написано что если нконфиг в нуле, то плис находится в режиме ресет... И че делать... хз...

Вот потому и запущено что читали, но ничего не поняли.
Давайте разбираться.
Для принудительного начала процесса конфигурирования с использованием конфигурационного ПЗУ, нужно занулить nCONFIG, и затем его отпустить (подтяжка к VCC переведет его в состояние лог.'1'.
Вы сконфигурировали ПЛИС по JTAG'у. nCONFIG должен стоять в лог.'1' за счет подтягтвающего резистора. Если у Вас после этого вдруг происходит новый процесс конфигурирования ПЛИС из конфигурационного ПЗУ (телепатирую - состояним MSEL'ов выбран режим AS), то это означает, что кто-то на Вашей плате передергивает nCONFIG. Подключитесь к nCONFIG'у запоминающим осциллографом, сконфигурируйте ПЛИС по JTAG'у и дождитесь "несанкционированной" конфигурации из EPCS. После этого анализируйте, что у Вас на nCONFIG'е происходит.

Здравствуйте!

Новая прошивка потребляет больше?
Была аналогичная ситуация со Stratix III, при заливке более мощной прошивкой перезагружалась старая из флеш.
Вылечилось заменой нескольких танталовых кондесаторов по питанию 100мкФ на 220.
(MSELы в AS)