Есть USB Blaster. По нему вопросов нет. Все работает.
Недавно решил докупить еще парочку, но в ЭФО продают только UBR Iso. Был уверен, что это тоже самое.
Отличаются они тем, что у первого кроме коробки есть еще изолятор интерфейса, расположенный непосредственно на разъеме, вставляемом в жерву. А во втором варианте изоляция сделана внутри коробки и из него выходит только шлейф.
Прошить ПЛИСку получается без вопросов обоими. А вот добраться до EPCS Flash progammer-ом получается только первым вариантом. Второй ругается, что нет подключенной Nios2 системы, (WARNING: Connected system ID hash not found on target at expected base address.), система есть, но таймстамп другой (WARNING: Connected system timestamp not found on target at expected base address.). Причем оба эти варнинга идут одновременно.

Пробовал уменьшить частоту PLL, результат тот же.
Подскажите, куда копать?

Судя по описанию, у Вас оба бластера ЭФОвские. Только в первом на шлейфе живет не изолятор, а преобразователь уровней (изолятора там нет вообще).
Во втором, скорее всего, надо проверить прошивку.
Напишите мне в личку. Вопрос решим.

Спасибо за решение вопроса. Для возможных "жертв" с аналогичной проблемой могу порекомендовать обращаться к Stewart Little.