Контролируйте начало пакета по первому сообщению, относящемуся к текущей секунде.
У большинства модулей это $GPRMC.
По поводу интервалов - я бы не стал такое рекомендовать, т.к. при "рваной" передаче, когда часть сообщений передается раз в секунду, часть сообщений - раз в три секундц, а часть - раз в пять секунд, "наполнение" секундного интервала становится сильно различающимся, иногда дяже часть сообщений в следующий секундный интервал отправляются.
Если, конечно, скорость 115200 и сообщений немного - это работает, если же скорость 9600 или, еще хуже, 4800, а сообщений нужно передать много - только "разбор рыбы с головы".

Я уже писал, что лишнее отключаю. И таки да, скорость 115200. Способов то ведь много, в каждого есть свои плюсы, минусы, а также условия применения.

Ну, если контролировать только начало - то тогда задержка в 1с обеспечена. Вроде и не критично, но неприятно

А контролировать последнее - не всегда возможно. Так как, как правило, это GSA/GSV, которых может быть несколько.
Вот и думаю, может есть какие стандарты по выдаче всего пакета?