Суть ошибки следующая: на внутренних слоях неправильно формируется отступ от КП до Plane с цепями power. На скрине 1 - КП и включенный слой Power. Виден маленький зазор по краям. На гербере тоже самое (скрин 2).

Еще заметка на счёт написания запросов: нужно было описать правила подключения цепи к нескольким компонентам, но в мастере запросов есть только функция AND. Т.о. для 4 компонентов и 2-х цепей пришлось бы делать 8 правил (для непосвященных).

И в ту же копилку: почему-то при указании цепи 3,3V1 из первого канала, правило распространилось и на цепь 3,3V2 из второго канала, хотя в правиле четко указана цепь 3,3V1.