Во-от, это уже ближе к теме. Чем детектировать? Есть какие-то готовые системы, или датчики? Деревянную или надувную лодочку засечёт?

Вероятно, уличный ИК датчик движения, настроенный на достаточно большие объекты. Хотя вот тут вопросы с волнением... Я вот так сразу не готов ответить, чтобы точно.
А еще отца русской демократии спасет установка нескольких растяжек со светошумовыми гранатами - батареек они не требуют, и отбивают среднестатистическому казаку желание куда либо лезть до конца жизни

Еще есть средства контроля периметра на основе РЛС - например Orwell-R, она и десант с вертолета обнаружит, и на воде с волнением гарантированно сработает - но тут вопрос опять в цене (баржа не дешевле случаем?) и в питании.

Орвел сухопутный

Неа, он умеет даже идентифицировать объекты на воде.

Туман проблема и для гораздо более низкочастотных станций

Так не на тех расстояниях, на которых тут надо работать.

не больше ли места занимают 50 барж, чем аэродром ?

Так не на тех расстояниях, на которых тут надо работать.
Та же "стрелка" на своих 24 ГГц все отлично видит в любом тумане на своих дистанциях до 500-800м

Оставляют на рейде одну баржу, ну или две, сцепленные. А не все 50 плотной кучей. Если там 50 барж - то можно и человека оставить.

Видимость "сквозь баржи", кстати, определяется высотой расположения антенны над баржей.

а деревянные лодки на воде всеракурсно и без допплера стрелка не видит

Очень интересная тема!
Для отпугивания птиц (с целью дальнейшего удобного фото/видео детектирования злоумышленников подвида хомо-сапиенс) можно применить ультразвук.

Один дедок рассказывал про инфразвуковой генератор, который он собрал в обычном шкафу(убрав из него все вещи), пригласил в гости. Агрегат оказался оччччень серьезным! Диффузор он сделал из электромонтажного коврика ,вырезав из него круг диаметром 1 метр.В качестве вибратора использовал привод ... электролобзика ! Ход его штока составлял 4 см. Частоту менял ЛАТР ом , а также с поможью стержня с грузиком, как в механическом метрономе.В шкафу было отверстие диаметром 30 см.- фазоинвертор. Работал он примерно от 3 до 20 Гц. При запуске этого монстра н 3 минуты в треть мощности , в зависимости от частоты,то сокращались стенки желудка, вызывая тошноту,потом вообще разболелась голова. Находиться рядом с ним не было ни малейшего желания - хотелось просто уйти, причем это хотение было на уровне инстинктов. Дедок его включал и выключал с помощью нехитрого временного устройства, состоящего из двух механических будильников и тумблеров...
Как я уже описывал, даже при малой мощности на расстоянии около метра находиться долгое время невозможно.Звук неслышен, но чувствуются вибрации по всему телу наступает состояние тревоги .Выше 10 Гц. со стен посыпалась штукатурка.
При увеличении частоты резонансные явления наблюдались в смежной комнате, после прихода в нее находиться та тоже было не очень приятно При уменьшении частоты резонанс переместился обратно, где стоял шкаф. Дед рассказывал, что перемещая пластину по штоку и изменяя напряжение на вибраторе электролобзика, можно вызывать резонансные явления в помещениях даже 2-3 этажами выше.А настройку добрый дедушка вел до появления стука благодарных соседей по батареям отопления, затем уходил из дома и включал временное устройство на включение и отключение своего генератора инфразвука. Желающим повторить сей злой девайс рекомендую рассчитать параметры резонатора-шкафа с помощью программ для настройки саббуферов( таких в и-нете полно),и использовать не готовый шкаф, а сделать его в соответствии с расчетами... Также вместо электролобзика можно использовать электродвигатель с редуктором к штоку, частоту можно будет
регулировать скоростью оборотов двигателя, а амплитуда колебаний штока может составить до 20 см. ...

У стрелки есть не только ГИБДДшная модификация, а и для охраны периметров тоже. И она деревянные лодки, конечно, не видит, но людей - видит.

людей, глядя на них сверху вниз и ударяя лучом в воду

Сверху вниз будет, когда объект под нее подошел. А на 50 метрах уже совсем не сверху вниз, если она, допустим, на высоте 3 метра установлена.

какие вероятности обнаружения и ложного обнаружения и в каких условиях прописаны в ТУ на станцию ? Это паспортные данные.