Кто подскажет в чем причина следующей проблемы.

SIM 900 передает данные на FTP сервер. В 80% случаев передача осуществляется успешно. В других случаях происходит следующее: файл с данными уходит с модуля успешно, но на FTP сервер не поступает. После некоторого времени (5-10-15 минут, когда как) файл с данными появляется на сервере.
И еще такое, после того как данные ушли из модуля SIM 900, через 5, 10, 15 минут захожу из компьютера на удаленный FTP сервер, и если файл там отсутствует я отсылаю на FTP сервер через FileZilla любой файл (например пустой Word), то он там мгновенно появляется и следом за ним файл с данными из SIM 900.

Иногда бывает, редко, данные вообще не поступают на сервер, хотя из модуля были успешно отправлены.

Обратился к оператору мобильной связи с данной проблемой, они пока ничего не обнаружили, говорят у них все в порядке.

Наверное кэширование FTP-сервера. Какой FTP-сервер используете?

Тестировал передачу на 5 серверах, один создал свой, остальные чужие, удаленные, с доступом через логин и пароль.

Передача файлов пакетная, размер файлов был и по 120 байт.

сделайте лог-файл команд, которые видит сервер.
без него это будет гадание на кофейной гуще.

AT

AT+CREG?

AT+CPAS

AT+SAPBR=3,1,"CONTYPE","GPRS"

AT+SAPBR=3,1,"APN","internet"

AT+SAPBR=3,1,"USER",""

AT+SAPBR=3,1,"PWD",""

AT+SAPBR=1,1

AT+SAPBR=2,1

AT+FTPSERV="94.000.000.000"

AT+FTPUN="user"

AT+FTPPW="user"

AT+FTPPUTPATH="/"

AT+FTPPUTNAME="0002.bin"

AT+FTPMODE=1
AT+FTPTYPE="I"

AT+FTPPUTOPT="APPE"

AT+FTPPUT=1

AT+FTPPUT=2,320

1
 ёP<QжP}P±MNOХN1LAMiMVMLrKЛPOQшPЉPЅMN)OЫN6LCMiMWMLrK1
 ЙPOQшPЊPЅMN+OЬN4LBMjMVMLrKЙPLQчPЉP»MN(OЪN6LDMkMWMLqK(1
 ЙPNQщP‹PЅMN(OЮN8LDMgMTMLqKЙPMQшPЊPЅMN(OЬN5LEMlMWMLsK61
 ЖPKQфP‡P№MN&OЩN3LAMfMSMLnKИPLQшP‹PЅMN*OЭN3LDMjMXMLpK2
 ЙPKQчPЉP»MN&OЪN6LBMiMUMLqKКPIQцP‰P»MN&OЬN6LEMkMWMLsK
AT+FTPPUT=2,0

AT+SAPBR=0,1


В прилагаемом файле тоже самое

Ну, это же не то, что видит сервер, а то, что модему отправляется. Это кардинально отличающиеся вещи.

Извиняюсь за задержку.

В приложении логи FTP сервера.

Можно что либо определить по этим данным?

Возможно, если бы там был виден один логин с модема и один через FileZilla.. а не 100500.
Это достаточно трудно разбирать.

Не могли бы Вы снять лог с сервера:
1) Передаем данные посредством SIM900
2) Передаем данные посредством FileZilla.
и ничего кроме..

В приложении лог программы FileZilla, установленной в компьютере, с которого производилось соединение с FTP сервером для проверки поступления файлов и была передача файлов.
Есть логи за те дни на которые представлены в предыдущем сообщении логи FTP сервера и дата 2014-10-13 была передача файлов.
В конце записи логов можно наблюдать следующее, когда из устройства был передан на FTP файл 0007.bin и он не поступил на FTP сервер, после этого через программу FileZilla был передан файл 0005.bin и они открылись на сервере одновременно, сперва 0005.bin и за ним мгновенно пришли данные файла 0007.bin.

Если нужны еще данные - я представлю.