Данная флэш-память может работать в обоих режимах, но делo не в самой памяти, проблема с её контроллером, а это уже IP-ядро от Altera.

я это и имел в виду: м.б. при реконфиге через EPCQx1 плис пытается по 4-м линиям читать, а память по одной выдает?

Если правильно понимаю, то режим загрузки (х4) задаётся прошивкой (в начале есть инфа, как настроить интерфейс загрузки). Если перекомпилить на х1, то бинарник отличается.

Вот это Вы не пропустили:
???
Или это - подтверждение.

ну пока прошивку не считаешь, режим же не поймешь. Потому изначально флешка должна в каком-то одном виде отвечать в дефолтном. После обращения настраивается режим, какой-то конкретно заданный. И вот вопрос перенастривается ли - сбрасывается ли он перед обращением уже после обновления...

не совсем: по линии dq0 во всех режимах передаются опкоды. что если ситуация примерно такая: контроллер дает опкод на чтение по 4-м линиям, а физически к корке подключена одна? и еще, в даташите на epcq есть раздел про "Non-Volatile Configuration Register", драйвер ничего с ним не делает?

Проблема есть с EPCS/EPCQx1 Controller-ом, про него и пишу: я использую только ф-ии alt_epcs_flash_init(), alt_epcs_flash_erase_block(), alt_epcs_flash_write_block() из папки с драйверами, а как они реализованы - не вникал. Явно никакие настройки для флэшки в этих функциях не задаются.

Default-mode для EPCQ256 (N25Q256) - это, как понимаю, х1. Т.е. при загрузке ПЛИС должна перевести её в х4, а потом грузится (по окончании загрузки вернуть режим в х1).
EPCS/EPCQx1 controller работает в режиме х1. Далее Remote Update задаёт реконфигурацию и загрузчик должен залить обновлённую прошивку перенастроив х1 в х4, но почему-то не может.

Стёр флэшку, при включении питания активны DQ0 (serial data input) и DQ1 (serial data output) - FPGA пробует считать прошивку. На DQ2, DQ3 - '1' (вижу высокий уровень). В случае обновления прошивки и выполнения RECONFIG все пины активны (FPGA читает в режиме х4).

до загрузчика, я так понимаю, дело просто не доходит - он запускается уже в user-mode. а есть возможность все операции, включаяя загрузку sof, выполнить в режиме x1? если получится, значит действительно что-то с переключением режимов флешки

А вот с загрузкой прошивки сконвертированной для Active Serial есть какой-то баг, не стартует с ней FPGA.
Может быть это из-за того, что в настройках проекта (Device and Pin Options->Configuration->Configuration scheme) у меня выбран Active Serial x4, а сконвертить пытаюсь для Active Serial?
Или выбранный в настройках Active Serial x4 на генерацию sof влиять не должен?

Перекомпилил с настройкой Active Serial x1 - не запускается.