Доброго времени суток.

Я использую CodeWarrior и генерирую предварительную инициализацию с помощью Processor Expert.
Подскажите как проверить что clock gen (MGC) сконфигурировани правильно?

входная частота 50МГц. я ее поднимаю внутри кристалла до 96 Мгц
у меня процессор freescale mk60dn512vll10

А по таймеру или просто куче нопов ногой подергать?

А вывести сигнал тактирования (или поделённый внутри) на один из выводов микросхемы? Разве такого нет?

Проверить соответствующие флаги в соответствующих регистрах состояния?

Если нужно без вывода сигнала на ноги, то можно затактировать какой-либо из таймеров от источника с заведомо известной
частотой (например - RTC с внешним отдельным кварцем или даже внутреннего RC-генератора) и померить сколько в его период влазит тактов вашего генератора.

Вывод CLKOUT на PTA6 или PTC3.
Что туда будет выводится настраивается в регистре SIM_SOPT2 в битовой группе CLKOUTSEL.



Модуль MGC имеет больше десятка выходных клоковых сигналов для разных функций.
Писать для каждого какие-то косвенные измерения будет довольно трудоемко.

Да какие косвенные измерения?! Осциллографом посмотреть-померять: опасаешься, что частота большая - задай другой коэффициент, проверь, потом верни какой надо.