При подаче сигнала на пинN, настроенный на ввод и выполняющий определенную функцию в программе, часть других пинов плис, настроенных на ВВОД,переключаются на вывод и сажают выходы других микросхем на GND. Плис менял. Переназначал пинN. ничего не меняется. Плис тоже менял.

Есть 2 способа жизни.
1. При помощи JTAG-тестирования вручную получить данные со входа и проверить, что нет замыкания на другие выводы.
2. Выкинуть "весь проект", кроме этого вывода и проверить, связано ли "чудо" с проектом...
Ну и никогда не писАть "определенную функцию в программе", ибо нет там "программы" и "функции", кроме случая софт-процессора...

симулируется правильно?

Причем, если я этот пинN сажаю на GND или VCC то все работает. Но если я его цепляю к шине где бегают данные, то тогда случается вышеописанная проблема. Даже если сделать пинN не используемым.

Может это особо-выделенный вывод? Сброс глобальный или OE?
Без проекта ничего сказать нельзя. Что за шина, какие данные? Замыкания точно нет?

Вывод обычный. Дальнейшая работа показала что если любой ввод плис прицепить к определенному проводу шины данных, которая находиться на другой плате, то появляется эта проблема. Платы связаны питанием.

Шина какая двунаправленная? Кто на ней сидит? Как переключается?
Я не понимаю, почему из Вас надо все клещами тащить?

Приходится угадывать, конечно... Шина, случаем, не 5В?
Сталкивался с похожей ситуацией, когда в результате ошибного подключения через пин попадало повышенной напряжение на локальное питание ПЛИС, отчего это питание задиралось и часть логических сигналов просто "проваливались" ниже уровня единицы, т.к. недотягивали.
Есть ещё вариант - всплески напряжения в шине при коммутациях, которые теоретически могут приводить ко всякого рода защёлкиваниям.

шина связывает две плис . похожа на i2s. назначил другие порты на шину у плис к которой подключается проблемная плис ,..работает. Но в моем случае не вариант.

А Вы землю межплатную проверяли? Может она прыгает при каждом переключении сигнала.