Если еще актуально, давно не заглядывал.
1. Когда Вы перенесли первичную обмотку на другой керн, да еще уменьшили витки, то сильно увеличили индуктивность рассеяния и, соответственно изменилась частота резонанса.
Обратите внимание, резонансов два - последовательный и параллельный.

И еще, попробуйте взять аналогичный сердечник, намотать обмотки на разные керны. Число витков первичиной возьмите как у Вас получилось, а на вторичку можно и больше. Подав на первичку сигнал от какого нибудь генератора (прямоугольный, на Вашей частоте) на Ватт 40 посмотрите, что происходит на вторичной обмотке при разных нагрузках. Гарантирую много эмоций.
Самое простое в Вашем случае поставить повышающий преобразователь, если исходное изделие нормально работает. Готовый высоковольтный трансформатор подобрать трудно, а делать свой при малой серии будет дороже чем повышающий преобразователь. А если у Вас батарейное питание, так он еще и весьма полезен.
Кстати, КПД какой у существующего блока питания?

Тема актуальна,
буду рад любой информации на эту тему
хотя бОльшую часть вопросов решил, собираю опытный экземляр, мк часть (управление и сервис собрал и отладил, буду заканчивать вместе с силовой
частью. вроде все получилось, нашел компромисное число витков, когда напряжение на выходе приемлимое и еще не попадает в резонанс. витков получилось вдвое больше расчетных, а вот три дня потерял из-за того что сдохла цешка, java script:emoticon(':angry2:', 'smid_5') причем очень хитро: напряжения занижала в два раза на всех диапазонах, при этом I, R, C измеряет корректно. она была зацеплена на выход делителя, остальные точки смотрел осциллографом, поэтому напряжения на выходе и не хватало...

Проблема в том, что не совсем понимаю что присходит и боюсь на другом экземпляре опять понадобится подбирать число витков, что совершенно нетехнологично


да, по резонансам еще буду разбираться


он там даже и есть, питает другие цепи, но хотелось бы все таки избежать двойного преобразования, хотя пока кпд не актуален, питание от сети, тем более что другая часть устройства не будет работать при напряжении ниже 10,8 В. но в дальнейшем может понадобиться еще уменьшить габариты, а дроссель в таком случае уж очень большой получается. да и ключ силовой, дорогой сильноточный диод Шоттки, и отдельный шим, а если питать от 12В то там можно любой интегральный преобразоватьель lm2577 например (потребление без высоковольтной часть порядка 6-7Вт)

чесно говоря не проверял, потому как не актуально, хотя теперь самому интересно стало, на глаз 50-60%

ТВС спроектирован для работы в совершенно других условиях. См. "родную" схему.
Идея в различии резонансных частот вторичной обмотки и связки из ОС, кондесаторов (десятки нФ) с первичной обмоткой ТВС. При этом важнейшая роль принадлежит именно ОС, как значительно более добротной.
В ТВС с обмотками на разных кернах разработчики пытались достигнуть некоторую стабилизацию выходного напряжения за счет смещения резонансов при изменении тока потребления.

На мой взгляд, для хорошей повторяемости разумно использовать близкий к штатному резонансный режим работы.

З.Ы.
Емкость вторички без перемотки понизить нельзя.
Резонанс можно подвинуть вверх путем уменьшением индуктивности (сердечником).