МК mega325 14,7456 МГц, Flash AT45DB081D-SU
Может так и должно быть?

Выставляю такие параметры читает Mode0
// SPI initialization
// SPI Type: Master
// SPI Clock Rate: 2*230,400 kHz
// SPI Clock Phase: Cycle Half
// SPI Clock Polarity: Low
// SPI Data Order: MSB First
SPCR=0x52;
SPSR=0x01;
А вот при таких нет
// SPI initialization
// SPI Type: Master
// SPI Clock Rate: 921,600 kHz
// SPI Clock Phase: Cycle Half
// SPI Clock Polarity: Low
// SPI Data Order: MSB First
SPCR=0x51;
SPSR=0x00;

У меня нормально читается на 8Mhz. (Чип 16 Mhz, SPI - 2xFosc/4)
в mode3.

SPCR = (1 << SPE)|(1 <<MSTR)|(1 << CPOL)|(1 << CPHA);
SPSR = (1 << SPI2X);

Схема включения у вас как в датышете?, может у меня частота не равная 14,7456 МГц

Да

Не такая?

Может скорость маленькая из-за емкостей на С64,С68,С77 ( они могут заваливать фронты сигналов). Я не ставлю в своих схемах никаких емкостей. Ножки WP и RES подключаю к VCC без резисторов. DD4, по-моему тоже лишний.

Однозначно конденсаторы лишние, с каких это пор на скоростные линии данных вдруг их поставили? DD4 нужен если МК питается от 5в, а АТ45 от 3.3в для согласования уровней, хотя многие говорят что работает и при прямом подключении.

МК от 5, AT45 от 3.3В - можно без согласования,
а вот если AT45 работает от 2.5В тогда желательно.

Да и еще у меня стоят резисторы через которые по интерфейсу SPI подключена флеш, как в датышете, вот рисунок из
AVR Hardware Design Considerations
и из Using Atmel’s DataFlash®
МК питается от 5В, поэтому и преобразователь уровня в схеме, при температурах от -40 до 70 возможен уход характеристик МК и флеш, мне кажется с преобразователем уровня надежней. Сделал все как в описаниях, думаю завтра, попробую сначала отпаять резисторы с SPI, и заменить перемычками. Резисторы у меня 4,7к.

Так не резисторы надо убирать, а конденсаторы про которые docker и GDI говорят!
У тебя на цифровых линиях ФНЧ стоит. 4,7 кОм + 100 пФ дают частоту среза ~340 кГц.
Неудивительно что при
// SPI Clock Rate: 921,600 kHz
нечитается ничего.

Да понятно, спасибо всем за разъяснения, буду убирать конденсаторы.
В руководстве по применению, написали, что конденсаторы улучшают электромагнитную совместимость, я и повелся на это не подумав, о фильтре НЧ. Прочитал вроде надо, предупреждений на использование нет.
Всем спасибо.

На синхронных линиях связи обычно ставят резисторы последовательно с линиями, номиналом до 100 Ом. Они нужны для согласования волнового сопротивления линий. Чтобы отраженный сигнал, создаваемый ВЧ-спектром транслируемого сигнала, не приводил к сбоям в работе. Фильтры же для синхронных интерфейсов вредны, т.к. ухудшают переходную характеристику линий связи.