А какая скорость развертки была ? На максимуме 1 сэмпл - 1 нс, не поверю, что Ваш девайс может выловить импульсы в 1 - 5 нс.

Да, бред написал. Извиняюсь. Сам не видел, поверил словам инженера. На самом деле вот так они выглядят. и так

Ну такой импульс можно целиком оцифровать, скажем, на скорости 1 Мгц, найти максимум прямо в ПЛИС или контроллере и записать в соответствующую ячейку. И никакой внешней схемы синхронизации не надо. Кстати, мне кажется, что у Вас неправильно работает усилитель фототока, судя по форме сигнала.

Да, не так страшен черт, как его малютки.
Скоро выяснится, что на обычном ARM, задача решается легко и просто.

Повторю свое предложение пихни плату с ацп в комп на частоту 1мгц стоит баксов от 300.
Плюсы не надо осваивать плисы и процы и разводить плату.
Минусы размеры.

Таких импульсов больше полутора миллионов за пять минут! И все это надо оцифровать, выловить максимум и рассортировать по этим максимумам! Да это же в тысячу раз сложнее.

Ну во первых если плата с ДМА то можно и в реальном времени успеть.
Второе если писать то получится 300милионов отсчетов или 600мб вполне поместится в оперативке (обмолот данных думаю не займет более 1минуты).
Комп железка пусть считает (или вы за охрану труда персоналки?).

Еше один плюс сразу результат выводите на принтер в котором липкая бумага (вот вам и наклеечка на приборчик).

Это всего 5000 импульсов в секунду. Оцифровывать не нужно - это работа АЦП. А все остальное отлавливание импульсов и рассчет максимума тривиальны. Полмиллиона операций процессора на импульс для его обсчета хватит?