ИМХО выиграша от применения синхронного выпрямителя вместо шоттки при таких напряжениях, совсем не немного.

Автогенератор.... Так уже давно не делают! Елементная база позволяет

Как раз при таком низком напряжении и токе 20 А и будет выигрыш - можно применить низковольтные полевики - у них сопротивление канала поменьше.
Впрочем, автору-то кпд может и вовсе не важен...

И вот интересно просто, что же именно вы имели ввиду?

Выиграша в КПД будет совсем немного, например:
Ivd=50А ток выпрямительного диода (я не считал, так прикинул ).
Vvd=0,5В, падении на диоде;
Vvt=5мОм*50А=0,25В, падение на полевике, выбраное 5мОм, достаточно низкое значение.
Дальнейшие расчеты (они не сложны и сами можите посчитать), оказывают разницу в КПД не более 5%!
Это не много, и если нет проблем с отводом тепла, то можно и пожертвовать, тем более получится дешевле, и меньше гемороя.
ЗЫ смотрел на LT1339 - достаточно дорога, и большая обвязка, мне не понравилась, возможно еще и дефецытна (смотря где конечно). ИМХО.

Вообще-то импульсный ток через диод будет 40 А (при коэффициенте заполнения 0,5). Но даже для 40 А прямое падение напряжения на диоде Шоттки 0,5 В - это очень оптимистичный прогноз. Я бы ориентировался на 0,7 В.

Параллельно два STPS2045C. По идее, должно получиться падение в районе 0,5...0,6 Вольта за 50...70 руб. или меньше.