Вы описываете ситуацию, когда напряжение на выходе источника значительно превысит номинальное напряжение, на которое он спроектирован. В случае ошибки с фазировкой обмотоки первопричиной выключения ТОПа будет срабатывание его внутренней токовой защиты. Это утверждение подтверждает тот факт, что если с фазировкой всё правильно, но при этом разорвать обратную связь, поведение ТОПа будет как с перепутанными обмотками.
ТОП может выйти из строя только если не установлен супрессор в clamp-цепочке или она вовсе отсутсвует. При попытках запуска с коль угодно неправильно намотанным трансом и громадной паразитной индуктивностью, при условии наличия clamp-цепочки, ТОП будет "живым".

Добрый день!
Мы вообще не используем супрессоры. Трансформатор с намотки не уйдёт и не поступит на монтаж, пока не будут проверены все его параметры и в том числе его фазировка.

Сталкивался с такой фичей, гдето в апноутах было оговорено МАХ значение индуктивности. Если наше значение превышало заявленное ТОРом, то микросхема получала термопробой.