Дебажу через JLink в RAM, отключаю оптимизацию, дебагер ведет себя оч странно, то после нажатия Step Over, сделает Step Into, то пропустит пару функций типа AT91F_PIO_SetOutput, AT91F_PIO_ClearOutput и т. д. Подскажите кто грешит? Если это IAR, то как с этим боротся?

Это inline функции и/или макросы. У IAR это типичный глюк, надо в окне дизасеммблера шагать, по асму такие места.

Вот и я так подумал, но ведь если нет никакой оптимизации то он инлайн не делает, по моему, или я ошибаюсь?

Если написано inline, и оптимизация отключена, то какой повод у компилятора не сделать то, что написано?