Тогда как определить положение вала? Не могу понять. Объясните пожалуйста.
Хочу добавить, что при моделирование данной установки (вибрационной площадки в Мейпле), происходят небольшие колебания скорости, положения. Это связано с тем, что на вале есть эксцентриситет. В действительности, когда я запускал установку, так и есть.

Я уже спрашивал, как Вы собираетесь синхронизировать систему, т.е. определять что угол равен нулю в какой-то точке.
Для этого надо либо иметь дополнительный датчик нулевого положения вала, либо устанавливать валы вручную в ноль перед стартом.
Если второе, то задача совсем простая - энкодер совместно со счетчиком выдает угол в тысячных долях оборота.
Если счетчик тоже обнулён перед стартом и запись данных начата раньше старта, то Вы уже имеете угол поворота вала.
Нужно только понимать, что счетчик будет периодически переполняться и для коррекции в этих точках надо добавлять 65536.

Эсцентриситет это всего навсего вторая гармоника.

На самом деле это лишнее, нужно только умножить на 360гр и разделить на 1024.

Небольшая корректировка:
Угол = (значение_счетчика mod 1024) * 360