Хорошо, какое конкретно рабочее окружение рекомендуете использовать в качестве GUI для этого программатора ?

Начиная с допотопного MultiEdit, до SlickEdit и становящегося стандартом Eclipse - выбор за Вами.

Посмотрите туда - http://www.klen.org/Projects/Kas/kas.html - может плагин для студии устроит

"Брехняяя"
Я обеими руками за GUI (левой з хоткеи, правой за мыша, но подумываю по примеру многих переучиться мышом на левую, нужно только симметричного мыша купить, а это это "эргономичное" и для правой не настолько удобно). Там, где оно нужно.
А вот "категорически против" я снабжать GUI "непосредственное рабочее тело" програмаматора (можете назвать его backend).

Собственно, и на сайте я достаточно чётко выразился, и тут выше уже сказали.

Дополню только, что с моей точки зрения проще всего работу с программатором затолкать в управляющий файл сборки проекта (makefile, sconstruct - кому что ближе), а в оболочку встраивать вызов make с нужной целью (именно об этом я и писал на сайте - по CtrlF9 у меня и под DOS в qedit/jedit, и под Win в MED вызывался make с целью запрограммировать, а дальше уже сам make видел, что нужно пересобрать).
В NetBeans я поступил похожим образом - добавил для проекта вариант (ну там debug/release/...) ProgramChip и в свойствах указал, что для сборки проекта нужно вызвать make program а не просто make, как для других вариантов. Если сижу и просто долго набираю текст, а компиляцию вызываю для проверки, что "всё сходится", то сижу в одном варианте, если собираюсь поотлаживаться в железе - то в другом и тогда любая перекомпиляция, если она успешна, заканчивается прошивкой.
А просто позашивать несколько плат можно и из любой командной строки, просто make program (и то набрать один раз, а потом выбирать из последних команд).

не сочтите за офтопик.
avreal редко обновляется,а есть SP12 http://www.xs4all.nl/~sbolt/e-spider_prog.html#NT_version
пока к нему только присматриваюсь, но по описанию, можно самому настроить его на работу с новыми достижениями атмела.
комуто это может сильно пригодиться.

З.Ы. модератор, если считаете что это не к месту, перенесите, пожалйста в раздел более подходчщий.

А чего к нему присматриватся, если при его поддержке иcключительно принтерного порта он по нынешним временам уже МЕРТВ.

А за этим, пожалуй, к AVRDude - оттягивайтесь, как хотите

1) А где-то есть конкретное пособие для конктретных начинающих в этом деле?
2) Отладка становится невозможна?

И живёт теперь по новому адресу (хотя по сути туда пока перенесена старая страничка).

Интересно было бы построить помесячный график изменений в avreal (т.е. свернуть года в гармошку) - такое ощущение, что к новому году обычно интенсифицируется :-)

Все мы немножко Дедушки Морозы

Да просто ко дню рождения становится стыдно за бесцельно прожитые месяцы, а между ним и Новым Годом прямо аж жжёт...
Ну и выставки всякие осенью, после них легчает...

Я так понимаю, при использовании адаптера на FT2232 не предусмотрена выдача сигнала внешнего тактирования (XTAL1)?

Да. В режиме работы MPSSE это не предусмотрено.
В планах - работа через SYNCHRONOUS BITBANG, куски написаны, ждут следующего отпуска.
Там скорость сильно упадёт по сравнению с MPSSE, но зато можно будет сделать с XTAL (а с ним если уж пришлось - то можно и потерпеть).

Avreal научился искать конфигурационный файл для FT2232 относительно пути своего расположения?

Пока нет, иначе в '+' попало бы.
И ещё просили указание прямо в командной строке - удобно для ft2232, там всего один сигнал переопределять надо.
Будет. В этом году :-)

Спрошу тут, хоть и оффтопик страшный А клон AVRISPmkII будет? Чем будем XMega шить?