А для этого в каждом IO-буфере есть спец-элемент задержки. Так что не вижу никаких проблем. Как раз ZeroDelay тут скорее всего лишний, так как потенциально возникнет некий гемор с тем, что задержка в IO буфере будет больше, чем в клокодреве.

альтера рекомендует именно этот режим PLL для выравнивания клоков и данных в source synchronus интерфейсах. Делал именно так на хилых, правда для техасовского EMIFа на 133МГц интерфейс работал нормально.