Посмотрите рекомендации из Virtex-4 FPGA Configuration User Guide UG071 для CCLK. Помоделируйте в каком нибудь симуляторе. Например в том же HyperLinx.

На пальцах это так: Предполагаю, что используется XC95xxXL в режиме VIO=2.5В. Типичное волновое опротивление дорожки от 50 до 100 Ом. Пусть будет 80. Тогда при соединении звездой с 4 лучами имеет нагрузку на выходе драйвера CPLD в 20 Ом. Используя IBIS модель получаем для фронта сигнала перепад 0В -> 0.64В и для спада имеем 2.5В -> 1.35В. Ни в том, ни в другом случае сигнал не перешел из одного логического состояния в другое. Сам переход будет проходить долго и мучительно. Сигнал будет отражаться от конца линии, бежать обратно, снова отражаться, и так далее пока не достигнет конечного уровня. Длина лучей у звезды разная, значит приходить отраженные сигналы будут в разные моменты времени. В результате будем иметь не монотонное изменение сигнала, что может быть воспринято входной частью Virtex4 как несколько тактовых импульсов.

это конечно всё может быть, только на 750 килогерцах длина линии, чтобы говорить про волновое сопротивлении и отражениях, которые будут куда-то приходить с разными фазами, должна быть десятки метров, но не сантиметров!

Дело в том, что мы должны оперировать длительностью фронта сигнала на выходе драйвера, а не периодом повторения сигнала. Для XC95xxXL фронт меньше 1 нс (данные из IBIS файла). А это 7 см проводника для печатной платы для прохождения туда и обратно.

Просто проверьте качество фронтов. Если есть немонотонность, то это, скорее всего, вызывает проблемы. Причина в этом случае в плохой, как правило, несогласованной линии передачи