Как я понимаю, у Вас схема, аналогичная ниже приведённой?
Реализовал калибровку вдобавок.
Как Вы подключали датчики к коммутатору и усилителю?
Объединили у всех датчиков один из выводов (общая цепь) и непосредственно подключили к одному из входов диф. усилителя МК, а к другому входу диф. усилителя - цепь с выхода коммутатора?

да, только датчики подключены по трехпроводной схеме :



датчики с выходом напряжения (TMP36, HIH4000 и т.д.) подключаются на вход напряжения, выход тока в таком случае не задействован.

А резисторы R19-R26 зачем?
Кстати, 3-4 проводный датчик делается просто припаиванием дополнительных проводов или используется датчик с имеющимися 3-4 проводами?

Естественно, припаиваются или привариваются Ваши провода. Провода должны быть идентичными, если их 3. Это используется.

даже если три одинаковых провода, надо учитывать что точность даже 1% обеспечивается при сопротивлении линии связи не более 1 Ом, для полного исключения влияния - 4-проводка.

Это не так. Откуда Вы взяли число 1?

В атмеге внутренний диф. усилитель имеется? Давно не брал я карты в руки.

yes:

Это классно.

Может уже кто писал, я мельком тему побежал, в общем я делал так. Напряжение с иона поступает на вход ОУ включенного по инвертирующей схеме, причем сам датчик PT100 стоит в обратной связи. Получается через датчик течет постоянный ток, а напряжение на датчике вылазит на выходе ОУ с обратным знаком.

Если нужен положительный сигнал, то ион должен быть отрицательным (инверт. включение оу). Я просто включал ценердиод от негативного полюса к массе.

Недостаток, датчик одним концом на виртуальной земле.

Недостаток в двухпроводности. Для полного счастья к выводам датчика подключают еще инстр. усилитель. Делов то.