Спасибо за совет, но я так уже делал.
Вывод PD0 (SS_A) конфигурировал на выход.
Причем если не инициализировать ШИМ и не изменять соответственно состояние выхода PD0, то SPI работает (присутствует тактовый сигнал на выводе SCK_A и пакет на выводе MOSI_A). Но с проинициализированным ШИМ генератором на выводе SCK_A - высокий уровень, на выводе MOSI_A - низкий.
С разделом SS Pin Functionality ознакомился:
Если SS настроен на вывод, то он работает как обычная линия цифрового вывода и не оказывает влияния на систему SPI.