"разруливается" он ручками (по крайней мере PIC16F8x - другие ещё не программировал) ибо память программ заливается одной командой по ICSP интерфейсу, а память данных другой. Почитайте инструкцию по программированию. Что касается меня - я уже реально программил PIC16F84A в сответствии с инструкцией.
Что касается Atmel- программатор AVR911 - AVR Open-source Programmer судя по исходникам занимается разборкой не только *.hex - файлов.

А также *.xml - файлов с параметрами МК, которые поставляются в составе AVR Studio.

Ну вообщето подключать отлаживаемое железо непосредственно к порту компа - моветон. Так портов не напасешься. Имхо есть смысл сделать STK200/Byteblaster, а буферную микруху поставить на панельке.
Если что - меняется микруха, и все, стоит копейки.
У меня по такому принципу работает сейчас STK200.

30 октября прошлого года я первый раз влез в это обсуждение. Тогда меня приперло по причине переезда на ноут без параллельного порта и, соответственно, судорожных поисков замены авреалу. С тех пор я успел искоренить у себя дома и на работе как класс windows, купить фирменный avrisp (после того, как помер avr910) и теперь работаю с ним. в качестве ПО пользую avrdude - не так удобно, как avreal, но все, что нужно делает - и ладно. Здесь же - все по прежнему. Бесконечное обсуждение, только состав участников немного изменился... Все-таки, слишком много слишком умных людей в одном месте - не есть хорошо.

А вообще - грустно, что весьма неплохая изначально задумка протухла.