А я думаю что не лишний вовсе.
Как Вы думаете зачем Button (clock) "S1" нужен?
Может для синхронной остановки тактирования плис?

Можно и так, конечно. А можно и для чего-нибудь другого приспособить. Нажал кнопку - загорелись индикаторы, к примеру
А для чего нужно останавливать ПЛИС таким "варварским" способом?
P.S. а где вы увидели, что S1 это "clock"?
А наиболее вероятно, эта кнопка задает временной интервал, в течение которого считает счетчик внутри ПЛИС.
P.P.S. Увидел на картинке. Ну так то внутри нужно делать - выбирать один такт из постоянно генерящих, приходящих на ПЛИС.

Ну, я так понимаю что альтера может вкл/выкл сама себе свою собственную тактовую. Но зачем?
А с другой стороны этож учебное пособие ну и пусть себе имеет такую возможность. Хош выключай а не нехош не выключай, красота!

Выключить может легко, а включить посложнее будет, придется создать внутри триггер, управляемый асинхронно, без тактов, переключаемый по кнопке снаружи. Потом, генератор при включении-выключении будет выдавать абы что.
Вместо этих страхов можно блокировать тактовую частоту внутри ПЛИС, и даже не блокировать, а не разрешать работу триггеров. Результат будет такой же, как если не подавать тактовую.