Так отключить проверку альтернативных вариантов

По этой причине Вы вывалили на схему КУЧУ дезориентирующего пользователя схемы мусора на все случае жизни и гарантированно НЕ относящиеся к схеме. Обалдеть. Какие такие "выводы о структуре устройства", УСТРОЙСТВА а не одинокого контролера, сможет сделать человек взяв в руки Вашу схему на которой перечислены все теоретически возможные функции пина? ДА НИКАКИХ.
Единственный разумный вариант:

Накололся недавно: на схеме процессор с упрощенной подписью портов, не проверив за коллегой подключение сигналов к процессору развел платку. После изготовления оказалось что аналоговый сигнал подключен к порту без аналогового входа. Вот теперь и думаю что полные надписи будут лучше.

Лучше все таки при назначении портов руководствоваться даташитом. Для некоторых портов список возможных функций настолько длинный, что просто визуально не воспринимается.
Избыток информации иногда может быть хуже, чем ее недостаток.
Если бы порты были подписаны PA0...PA7 - то вы бы как раз полезли бы в даташит и выяснили, что аналоговые сигналы на эти входы заводить нельзя.

Делаю в P-CAD2006 два вида: Normal (как положено) и IEEE (для себя, со всеми функциями выводов). При разработке схемы использую вид "для себя", когда заканчиваю - "как положено". Переключается вид в свойствах Alternate легким движением мыши.

Это когда количество функций мало, и надписи с противоположных рядов не перекрываются.