Просто поток сознания какой-то. Сами-то Вы свой пост прочитали?
Цитата(Farsch @ Apr 19 2011, 17:23)

... прошивку на Stratix приходится посылать не меньше двух раз, после первой удачной прошивки все остальные идут удачные.
Это как понимать? Где-то частицы "не" не хватает???
Распишите ситуацию подробнее:
1. Каким квартусом пользуетесь? Под какой осью работаете?
2. Используете ли в процессе проектирования TimeQuest? Если да, то каковы результаты анализа?
3. Как именно подключены ПЛИС и конфигуратор к JTAG'у (цепочкой, или через два независимых разъема)? Какой режим конфигурации ПЛИС используется?
4. Как именно заливаете sof в ПЛИС?
5. Как именно заливаете pof в конфигуратор? Pof и sof получены при одной и той же компиляции, или из разных?
6. Как ведут себя сигналы CONF_DONE и INIT_DONE при загрузке ПЛИС по JTAG и из конфигуратора?
7. Чем отличается ситуация после загрузки ПЛИС по JTAG и после загрузки ПЛИС из конфигуратора?
Ни и далее в том же духе.
Если все это подробно распишете, то может быть и сами проблему решите.
Чтобы слова не расходились с делом, нужно молчать и ничего не делать...