Я смотрел, как формируется сброс и клок в моем случае - сброс на "R" вход, как и положено. Без доп комбинаторики. Структуру if-else квартус трактует именно как или-или. Т.е. в случае if-else наличие сброса еще будет и перекрывать другие сигналы. По сути - это лишнее. R и S входы чисто схематически имеют приоритет над клоком.

В общем случае сброс и должен иметь наивысший приоритет и перебивать другие сигналы. Структура if-else приоритетна и else срабатывает только при отсутствии if. Не знаю что там на циклон3 за архитектура, но на стратикс4 синхронный сброс подается на вентиль AND вместе с данными, после чего на вход D триггера. Асинхронный - заведен специально отдельным входом aclr. Реальную структуру смотреть лучше все-таки на chipplanner, а не на RTL.

Я как правило пользуюсь именно асинхронным сбросом (aclr). Но в случае синхронного сброса - вы абсолютно правы. И тогда имеет смысл использовать if-else

Все просек, у Вас асинхронный сброс используется (vhdl плохо знаю), тогда проверьте что квартус его по глобальной шине пускает (в compilation report/resource section/global and other fast signals к примеру) и закрывайте для анализа (естественно он его переименовывает и никакого nRST_LOC там не будет).