Цитата(zombi @ Dec 17 2017, 22:35)

В таком варианте обе пары чипов программируются и изделие работает.
Итак проблема в двух разных типах в одной цепочке. Можете отдельно запрограммировать каждую схему? Не все одновременно, а по 1-й схеме за раз?
Цитата(zombi @ Dec 17 2017, 22:35)

Изначально стоял 16.0, поставил 17.1 результат тот же.
Я больше думал о старых версиях (типа 13.1 и т.п.) но вряд ли это применимо ((.
Цитата(zombi @ Dec 17 2017, 22:35)

Наверное из-за недостаточной образованности - ничего не понял.
Работа с JTAG сводится к работе с двумя последовательными регистрами: регистром инструкций (IRSCAN) и регистром данных (DRSCAN).
Работа с этими регистрами сводится к небольшому количеству команд которые описаны в стандартах (и соответственно форматах файлов):
JESD71 и
SVF.
Для формата jam stapl Quartus имеет интерпретатор, который используется примерно так: quartus_jli -a program project.jam
Ваша задача сводится к тому чтобы вместо непосредственно программирования получить jam файл, а затем выполнить его в интерпретаторе.
Речь шла непосредственно о командах PREIR POSTIR PREDR POSTDR. Изменив эти параметры интерпретатор в команды IRSCAN и DRSAN автоматически добавляет нужное количество незначащих бит и это позволяет без изменения остального jam применить его для любой схемы в цепочке.