Сделайте сравнение:
По его результатам редактируйте схему, пока не получите то же, что в плате.
Да, редактировать вручную - Concept HDL не добавлеяет автоматом отсутствующие на схеме компоненты и не цепляет к ним цепи. Он умеет только делать свап и переименование. Это вам не ПКАД...