Что-то я не понял вопроса...
Есть стэкап, то, что Вы описали - "...минимальная ширина проводника, минимальный зазор, минимальный диаметр отверстий, маска, материал, толщина и тип покрытия..." :
А есть требования к плате: точность, материал, сверловка, маска, шелкография, эл. тесты, поркытие, импедансы и т.д. Вот в этих требованиях ссылаются на IPC:
Они могут быть на общем чертеже и в одном гербере идти к производителю. Могут быть в разных файлах, могут быть в разных форматах(стэк в гебере, Notes-ы в PDF и т.д.) главное, получается, донести свои требования(опирающиеся или ссылающиеся на IPC) до производителя. В каком виде не принципиально, главное, чтобы производитель их увидел и принял к сведению. Тогда да, если у вас возникнут претензии можно будет возмущаться, типа "а мы указывали, чтобы по IPC-xxxx было"...