Если вы хотите использовать тактовый сигнал как клок на триггеры, при этом у вас он заходит на обычную ножку, то надо быть готовым к чудовищному времени установки. Синтезатор потянет этот сигнал на клоковое дерево, и только потом подаст на вход клоков триггера, и путь этот будет весьма длительным. Более ничего быть не должно. Если сигнал хороший и четкий, то будет отрабатывать как клок нормально. Другое дело данные защелкнутые по этому сигналу, будут асинхронны ко всей схеме и их надо будет синхронизовать.
Можно ли договориться с синтезатором не тянуть сигнал на дерево? Не знаю, похоже что нет. Да и если как-то убедить его так не делать, то придется следить чтобы время распространения этого сигнала до триггеров было одинаковым, то есть чуть ли не руками эти триггера расставлять в ПЛИС.
Ну и конечно надо описать констрайны, не только на период этого сигнала, но и на время установления и удержания данных.
П.С. Прикольно, а мы с вами земляки

Где трудитесь, если не секрет?