Как у вас подаются клоки для RocketIO? В классическом варианте для этого используют специальную пару ножек, подавая на них дифференциальный клок. Так вот, чтобы всё было хорошо необходимо этот клок "отвязать" от DC составляющей, то есть пропустить через кондёрчики, иначе могут быть проблемы, связанные с влиянием "постоянки" от вашего источника клоков на этот вход Xilinx.
Причина редактирования: Избыточное цитирование