Протокол SAM-BA, правда в кастрированом виде, есть в каждом даташите на МК серии AT91. Искать путь:
AT91SAM7 Boot Program->Table 21. Commands Available through the SAM-BA Boot
Более полная информация по командам есть, например
здесь.
Так что написать консольную утилиту для программирования - пару-тройку вечеров.
Использую этот протокол для программирования
своего программатора через драйвер usbser.sys. Работает под всеми современными 32/64-бит системами.
Есть одна проблема, с которой так и не смог справиться. Утилита теряет связь с загрузчиком AT91SAM7 на системных платах на базе не-INTEL чипсетов.