MIFARE не лучше, это просто иной подход. Вся криптозащита уже встроена в чип карты и в чип ридера. Рабочее расстояние до 10 см, "грабберы, сканеры" отдыхают по определению. Ридер спокойно можно разместить у лобового стекла (в случае интеграции с сигнализацией) или где угодно в внутри салона (в случае иммобилайзера).
Карточки или брелоки достаточно недороги и доступны. С ридерами - отдельная песня, но тоже решаемо.
Если это большой проект (вдаль идущие планы) - могу эту часть взять на себя.
Для одиночного изделия разумеется проще купить готовый.
По этой теме :
http://www.stronglink-rfid.com/en/rfid-modules.html