.s лучше не трогать, там ничего править не нужно.
Лучше скопируйте system_stm32f4xx.c к себе в папку с прочими исходниками, да и поправьте под свои нужды.
У семейства f1xx можно было дефайнами выбрать разные варианты инициализации, видимо для f4xx это сложнее сделать, индусы не осилили

.
Russia est omnis divisa in partes octo.