Не вижу в чем проблема.
Для F4 серии ST выложил специальный инструмент - эксель файл, который генерит system_stm32f4xx.c для любой частоты автоматически по указанным вами параметрам. Для работы с ним разрешите макросы в вашем экселе. Сгенерите необходимую вам частоту, скопируйте оттуда и разбирайтесь, если нужно менять частоту в программе. ИМХО, с примерами разбираться гораздо проще. Или сразу создайте файл который вам нужен и подцепите его в проект.
Ссылка, смотрите AN3988