Цитата(en0t @ Jul 24 2012, 17:02)

...поставил USBTrace и увидел некоторые странности..
Не понятно, в чем заключаются "странности". Первая картинка начинается с последовательности №21, вторая аж с №969

При чем и на первой и на второй нет ни каких ошибок.
Ищите проблему в собственном софте или в libusb. У меня, например, устройство на AT91SAM7S64 с любыми ревизиями на любых чипсетах и на любых ОС работает одинаково стабильно.