Существуют, как мне известно, два основных метода измерения частоты.
1. Измерение колиства входящих импульсов за единицу времени. Применяется для высоких входных частот.
2. Измерение количества импульсов опорного генератора за время N-периодов входной частоты. Применяется для низких входных частот.
Для вашей задачи больше подходит второй метод который за меньшее время измерения даст большую точность. Еще не маловажный момент - стабильность опорного генератора. Если вы хотите получить измерение с точностью 8 знаков, то Вам придется ставить термостабилизированный (не путать с термостатированным) генератор, а это весьма дорогое удовольствие.