Тут дело вот в чем.
Представить возможности кристалла лучше как раз с помошью визарда, который все эти возможности раскроет в удобном для восприятия виде, ведь чем нагляднее, тем проще осмыслить. В противном случае придется долго вникать в даташит, запоминать настройки периферии, источники прерываний и прочие неочевидные моменты, и сводить всё это вместе самостоятельно. Разумеется, это не означает, что его не надо читать

без изучения DS всё равно программы не написать, какой бы там визард не был.
Второе - создание кода инициализации с помощью визарда гарантирует отсутствие глупых ошибок по недосмотру или опечатке. Соответственно, уменьшается время отладки проекта.
Третье - начинать с готового шаблона проще, чем с пустого места; как человек, знакомый с MFC, вы должны это понимать. Понимают это и разработчики всевозможных IDE, оснащая свои творения набором визардов на все случаи жизни. Цель всё та же - ускорение разработки и отладки.
Поэтому считаю хорошей практикой начинать проект с создания шаблона программы с помощью визарда.