Удивительно читать. Проект отлажен на одной ПЛИС - поставили другую.
А отладили???
Какие вообще действия за волшебным словом проект - "отлажен".
Отлажен он у нас - мы продаем 200 плат в год - и все работают.
Для плат проводим термо и вибро тренировки.
Те Вы качания температуры и его влияние на быстродействие (причем любой микросхемы) никак со совей деятельностью не связываете??? Только с плохой фирмой xilinx?
Может Вы тайминги не проверяете (или вообще не умеете их задавать).
Проблемы бывают и плохих монтажников БЖА, и в плохих блоках питания и еще в тысяче причин ........
Работать начинайте . Осциллограф, чипскоп (слышали про такое?)
Тестировщики отдельных блоков Xilinx .....