Компонента SDIO в стандартном составе периферии для NIOS нет.
Люди берут либо на OpenCores, либо пишут своё.
Или даже покупают готовый модуль у кого-нибудь.
На CIII сделать точно можно.

В принципе, если не нужна скорость, можно обмениваться через интерфейс SPI, а не SD.
Для SPI предложено достаточно решений, можно найти даже здесь, на сайте.