Хм...
А я то думал что на пины контроллера подаються одинаковые последовательности

Если сбойнуло в параллельном, сбойнет так же и в последовательном.
Нет конечно, если вешать на LPT 5-метровые шнуры тогда COM -портовые рулят однозначно.
На практике неэкранированный шнурок 70 см за 6 лет не разу не сбойнул на исправном кристалле. Более того приходилось лечить кристаллы запоротые AVR910.
Так что мое резюме однозначно:
СОМ-овские зависимы от кристалла(прошивка) - независимы от хост машины.
LPT-шные зависимы от хост машины(наличие порта, драйвера), независимы от кристалла.
Универсальное решение - включать в каждый проект бут-лодырь,
а чем шить в лабораторных условиях неважно.